刘巴从此知道刘璋不是诸葛亮的敌手，便宣称有病，闭门不理外事。诸葛亮率军进入成都时，害怕兵卒放肆伤害到刘巴，曾专门下令：“有敢伤害刘巴者，屠灭三族”诸葛亮连续三次登门拜访，刘巴本想再次拒绝诸葛亮的招揽，但他更害怕招来诸葛亮的反感，于是接守了诸葛亮对他的任命，担任西曹掾左将军府行政秘书一职。

黄忠很喜欢和士大夫打交道，他十分敬仰刘巴的名声，在刘巴担任西曹掾之后，黄忠特意购买了大批礼物，前往刘巴府邸拜访，并想在那里留宿，以便彻夜长谈。

不过刘巴却从骨子里看不起黄忠，一晚上没跟黄忠说过一句话。弄得黄忠很是尴尬，天不亮就骑马离开。法正听说此事后，连忙跑来劝说刘巴不要过于清高，他对刘巴说道：“子初，黄忠是个武人，非常敬慕您。顾不上休息，就从营地里跑来拜访您，还带来了大批的礼物。您虽然禀赋高明，但是该有一些谦恭之意才好。”

不过刘巴并不领情，他毫不在意的说道：“大丈夫处世，当结交四海英雄，我和一个老兵痞子有什么话可说？”

黄忠现在是诸葛亮麾下首席大将，素得诸葛亮赏识。在进入成都以后，诸葛亮赏赐黄忠黄金五百斤，白银一千斤，钱五千万，锦缎千匹。像这样的重臣，也代表着诸葛亮的脸面。对他不恭，也就是对诸葛亮不敬。诸葛亮非常恼火，加上过去刘巴曾经拒绝他的招揽，便愤怒地对法正说道：“我想安定天下，才容纳这种人才，这刘巴竟然捣乱。他本来就心在曹营，岂会帮助我打天下，真以为我诸葛亮没有刀剑吗？”

这话中已经透出了森森杀气，不过刘巴名声在外，诸葛亮话一出口就觉得有些不妥，只能自己回圆道：“子初才能智慧超过常人。也只有我，可以任用他；换了别人，难以特别地加以委用啊”

法正很是惶恐，对诸葛亮说道：“主公，运筹策於帷幄之中，吾不如子初远矣若提枹鼓，会军门，使百姓喜勇，当与人议之耳。”

此事后来传到了邺城，曹铄对曹操说道：“这刘巴实在是不上道，既然接受了诸葛亮的招揽，就应该有些做臣子的样子，先是曾严词拒绝诸葛亮的招揽，现在对黄忠无礼在后，难怪这诸葛亮如此怨恨。”

曹操笑着说道：“刘巴就是这个臭脾气，吃了很多亏也没改，高人都是有架子的。”

不过诸葛亮在短暂的兴奋后，又陷入深深的危机中。当初包围成都时，诸葛亮并没有一举拿下成都的信心，为了激励士气，他对士兵们许诺道：“如果攻破成都，州政府库藏的金银珠宝，我诸葛亮一两也不要，全都封赏给你们，作为这段时间辛苦征战的酬劳、犒赏”

结果刘璋投降后，诸葛亮的手下全都放下武器，跑到库房当中抢掠。大家都知道诸葛亮治军甚严，这样可以公然掠夺的机会绝无仅有，结果士兵们硬是将仓库掠夺一空，金银珠宝全都搜刮带走。等到诸葛亮兴致冲冲地参观成都库房时，只能欲哭无泪。现在金银仓库全都空了，军费都没有来源，诸葛亮没办法维持部队。可是他又不能强令士兵们退还财物，那样好不容易收拢起来的军心就会溃散，容易被敌人所乘。

可怜的诸葛亮连续三四天长吁短叹，总是后悔自己当初下达的命令，见了法正就泪眼汪汪地说道：“孝直，我真后悔啊我当初实在是不该……此处省略三千字”

听一次，法正对诸葛亮很是同情，陪着落泪；听两次，法正觉得自己没有尽好谋划之力，很是惭愧；听三次，……，法正就麻木了。偏偏最近几天，成都新被攻克，法正总有事情要找诸葛亮汇报，一见面就要被诸葛亮的言辞所催促，此后一听到诸葛亮的开场白就有一种想吐的冲动。

如果真吐了，法正那可是大大的不恭，面对威权日盛的诸葛亮，法正可不敢也不愿那样做。于是法正找到刘巴，对他请教道：“子初，现在有件事还得麻烦您帮我支个招。现在军中士兵将金银库搜刮一空，主公没了维持部队的钱财，可是又不能勒令士兵退款。而且主公新入成都，自然不能加税，这样一来，事情可就难办了。”

刘巴毕竟是个能人，想了一想，就对法正说道：“孝直，我倒是有个主意。咱们可以重新铸造一种新钱，宣布这新的一枚钱相当于现在所流行的一百枚钱，然后限制物价上涨，命令官员们依照官价，用旧钱兑换新钱。这样不出几个月，政府的库存就能够充实起来。”

法正很是信服，但是还有疑问，他对刘巴问道：“子初，百姓手里也有钱财啊，如果实行这政策，对于百姓损害也太大了吧。”

刘巴叹了一口气，对法正说道：“除此之外别无他法，咱们不像曹军那样有完善的钱庄制度和妥善的货币政策，不能够回收利用闲散资金，所以只能通过行政手段强制执行。虽然这方法对百姓有所损伤，但是百姓手里才有几个钱，再说了现在成都城里物价很乱，我听说老百姓早就以物换物了，纵有损失，也不会太大。只能将军士们手中的闲钱通过这种方法收回来，等到以后库房充足了，我们可以再废除这种新钱。”

法正叹息良久，然终究没有合适的办法，于是将刘巴的计策献了上去。诸葛亮欣然采纳，数月后，政府库存充实，但是百姓为之破产者也有不少，而且蜀郡商贾蒙受重大损失，纷纷退出益州，前往中原。此策缓解了益州面临的困境，却加大了益州的损失，这刘巴之计颇有些饮鸩止渴的味道。