而舰队则继续南下，随即展开了对武馆炮台的炮击，这里的炮台规模比较小，根本就不能跟镇海、江阴等地的炮台相比，而且守军也只有不到五百人，装备的火炮还是明朝时期为了防范海贼的老式火炮，不仅射程比较近，而且性能不稳定，再加上年久失修，士兵们在战时根本就不敢去使用它，因为他炸死自己人比炸死敌人更加容易。

这样的炮台根本就阻挡不了中华军的进攻，只用了不到十五分钟，清军就被击溃，成为第二支逃跑的清军。

解决了炮台这个对陆军的威胁之后，舰队继续西进，一直抵达了镇南关的对面，开始对厦门城内的守军进行直接攻击了。

厦门城其实也是一座孤悬海外的岛屿，只不过相对于金门岛来说，厦门距离大陆更近一些，但是因为随着清廷水军的屡战屡败，因此厦门城的防守就变得越来越艰难了，因此岛上的守军的吃穿用度，包括武器弹药的消耗等等，都需要从陆地上运输过去，岛上原本是有居民的，但是因为清廷颁布的禁海令，使得沿海一带三十里之内的所有人口都必须向内陆迁徙，而整个厦门岛自然全部都在这个范畴之内，所以这个时候的厦门城实际上是一座孤城，里面除了士兵之外再无一人。

城内的清军是耿继茂的军队，原本在收回了厦门城之后，这里一度成为了施琅的据点，也是和金门郑经对峙的前沿地带，但是随着金门战役的爆发，以及后来郑经的军队被打散，厦门城也就失去了其相应的作用了，于是耿继茂便乘机将其收回。

但是在随后的战斗之中，清军的水军全军覆灭，而且中华军又展开了一系列的反攻，沿海一带几乎所有的岛屿全部丢失了，就连厦门岛之外的金门岛也被中华军拿下了。这使得厦门城的处境就变得艰难起来。

耿继茂的手中并没有水军，他自然也不能在这个没有价值的小岛上面跟中华军耗下去，所以整个厦门岛的驻军只有四千人，包括同安县前后营的两千多人。武馆炮台的五百人，再就是厦门城中的一千多人。

这么少的军队自然是抵挡不了中华军的进攻了，而且因为城内没有普通的百姓，所以中华军也不担心误伤的问题，所以城内的清军可就惨了。中华军发射的炮弹全都是散弹，整个城墙上几乎站不住人了。

守军之中大部分都是从外面逃回城中的军队，这个时候完全就已经没有斗志了，所以在中华军的猛烈炮击之下，这些士兵们明智的选择了投降。