公元1060年，拜为枢密副使。次年，任参知政事。欧阳修在枢密院，与曾公亮一起考查全国的军队数量以及河北、河东、陕西三路驻守军队的多少、地理方位的远近，重新绘制军事地图与士兵名册。凡是边境长久缺少军队的，必须要检查补齐。他在中书省，与韩琦一起同心辅理朝政。凡是有关军队、百姓、官吏以及国家财政利益这类关键资料，中书所应当了解的，他都汇集起来，列出总的条目，遇到事情就不需要再去询问有关的官员。当时皇太子还没有确定，他与韩琦等人协商立太子的事，有关的话都记录在《韩琦传》之中。宋英宗由于疾病的缘故没有亲自上朝处理政事，由皇太后临朝听政，因此，左右亲近的人搬弄是非，几乎使英宗和皇太后之间因嫌疑而产生仇怨。韩琦入朝奏事，太后哭着对他讲了其中的缘故。韩琦以英宗生病为理由，进行调解，太后的成见仍然丢不开，欧阳修进言说：“太后事奉仁宗几十年，仁德之名闻于天下。昔日太后在处理得宠的温成皇后的事情上都能应付自如；现在母子之间，倒反而不能相容了吗？”太后的意思稍稍缓和，欧阳修又说：“仁宗在位很久，仁德光辉照耀天下。所以驾崩之后，天下人都拥戴即位的皇上，没有一个人敢有异议。现在太后是一个妇人，我们则只不过是五六个书生罢了，如果不按照仁宗的遗愿办，天下谁肯听从呢？”太后沉默了，很久才打消了原来的意思。
欧阳修平生与别人谈论事情，从来都是尽其所言，没有什么隐瞒。待到他治理政事时士大夫有什么请求，则当面说明行还是不行，即使是御史台和谏院的官员论事，他也必定问明是非，由此怨恨诽谤他的人越来越多。英宗想要崇奉生父濮王，于是诏令有关官员讨论该当如何，都说应当称濮王为皇伯，并改封大国的爵位。欧阳修援引《丧服记》的有关规定认为：“‘过继给人当嗣子的人，也应该为自己的父母服丧。’减三年的丧服为一年的丧服，而不要更改亲生父母的名份，因为服丧期限可以减少而亲生父母的名份却不能更改。如果将亲生父亲改称皇伯，这样做，考查以前历朝各代，都是无典可依的。进封大国爵位，则又于礼不合。所以中书的意见与大家不一样。”太后发出手谕，允许英宗称亲，尊称濮王为皇，三个夫人为后。皇帝下诏谦让。于是御史吕诲等人就此事诋毁欧阳修，争论不已，都被贬逐。只有蒋之奇的意见符合欧阳修的意思，欧阳修举荐他为御史，而大家都视他为奸邪之徒。蒋之奇为此事很担忧，于是寻思怎样使自己解脱。欧阳修的内弟薛宗孺因事衔恨欧阳修，因此制造男女关系方面的谣言侮辱他，以达到打倒他的目的。谣言展转到了中丞彭思永那里，彭思永告诉了蒋之奇，蒋之奇即上章弹劾欧阳修。宋神宗刚即位，想治欧阳修以重罪。于是就此事询问曾任宫臣的孙思恭，孙思恭为欧阳修作了辩解开脱，欧阳修闭门不出，请皇上查究此事。宋神宗派人去诘问彭思永、蒋之奇此事的来龙去脉，结果他们理屈辞穷，无言以对，都被贬斥。欧阳修也极力请求斥退，罢为观文殿学士、刑部尚书、亳州知州。次年，迁为兵部尚书、青州知州。改任宣徽南院使、判太原府，推辞而不接受，徙任蔡州。
欧阳修以高风亮节严格要求自己，因多次遭到污蔑，六十岁时，就接连上书请求告老退休，皇上则下诏书对他尊宠有加，不让他退休。及任职青州时，又因为请求停止发青苗钱，而遭到王安石的诋毁，所以乞求退休更加迫切。熙宁五年(1072)，去世，追封为太子太师。
欧阳修当初在滁州时，别号醉翁，晚年改号为六一居士。他自己说：“我要集古录一千卷，藏书一万卷，有琴一张，有棋一局，而常置酒一壶，吾老於其间，是为六一。”这就是“六一居士”的由来。
他性格刚强，见义勇为，虽有弓弩陷坑在前，将一触即发，而他也会奋不顾身。因而前后几次被放逐流离，但志气还是如常不衰。在贬职夷陵县时，没有什么排遣，就取出旧日已办的案卷反复阅览，结果发现案中是非颠倒、违法曲断的错误比比皆是，于是他仰天长叹说：“这么一个偏远的小县，尚且如此，全国就可想而知了。”从此以后，他遇事不敢疏忽不慎。
当文人求见欧阳修时，他跟他们谈话，从不涉及文章的事，只谈论官吏治事的问题。他认为好的文章只在滋益自身的思想，而政事的好坏则关系到群众的利益。凡他任职的几个郡，不显露治理事迹，不追求名声荣誉，为政宽松简易而不烦扰，因此所到的地方百姓都感到安逸。有人问他：“为政宽简，而事情并不松弛失误，这是什么原因呢？”他说：“把放纵无度作为宽，把省略必要的东西作为简，那就使政事败坏，而且百姓也会受害。我所谓宽者，是不做苛刻急迫的事，简者，是不做繁碎扰人的事罢了。”欧阳修幼年时失去父亲，母亲曾经对他说：“你父亲做官的时候，常常在夜间点着蜡烛办理官府公文，多次停下来叹息。我问他什么事情，他便说：‘是死刑案子，我想寻求保全犯人生命的可能，却没有找到。’我说：‘生路可以寻求吗？’他说：‘去寻求生路而得不到，被判死刑的人和我就都没有遗恨了。经常为死囚寻求生路，仍然还有失误造成不该死的人被处死的，然而世间的官吏却常为犯人寻找处死的理由呀。’他平日教导别人的子弟，经常用这些话，我都听熟了呀。”欧阳修听了这段话，终生照做不忘。
欧阳修的文章，才华横溢，朴实流畅，不繁冗不省略恰到好处。在议论上，简单而明了，实际而通情，善于联系事物分析不同问题，阐明深刻的道理，驳斥其错误，给人以很强的说服力。他的超然洒脱，文情奔放的风格，别人是无法赶上的，所以天下人一致效法尊崇他。提携后进者，唯恐不及，得到他赏识、举荐的人，大多成为天下的名士。曾巩、王安石、苏洵以及苏洵的儿子苏轼、苏辙，原来都寂然无声，不为人所知晓，欧阳修就广为揄扬他们的声名，认为他们将来一定会名闻于世。欧阳修对朋友非常忠实，朋友在世时就推荐帮助他们，朋友去世后就尽力保护周济他们的家庭。
欧阳修喜爱古代文化并酷爱学习，凡是周代、汉朝以来的金石遗文、断章残篇，他都尽量收集记录下来，仔细稽考研究它们的不同之处，在记载下来的金石文字后面，写上自己的跋语，一一加以确凿的考证，取名为《集古录》。他奉皇帝的命令纂修《唐书》的纪、志、表，又独立写成了《五代史记》，笔法严谨而文字简练，大多继承了《春秋》笔法。苏轼为欧阳修文集作序说：“论说道理与韩愈相似，议论政事与陆贽相似，记叙事情与司马迁相似，诗词歌赋与李白相似。”有见识的人认为这番评论是很有见地的。
欧阳修是杰出的应用文章家。他一生著述颇丰，《欧阳修全集》（中国书店1986年版。本文所引欧文皆出此集）有文章2651篇，应用文2619篇，可见他的文章写作主要是应用文写作，他不仅应用文写作颇有建树，而且对应用文理论贡献也很大。欧阳修书法亦著称于世，其书法受颜真卿影响较深。朱熹说：“欧阳公作字如其为人，外若优游，中实刚劲”欲知后事如何？且听下回分解。