1061年（嘉祐六年），苏轼应中制科考试，即通常所谓的“三年京察”，入第三等，为“百年第一”，授大理评事、签书凤翔府判官。后逢其母于汴京病故，丁忧扶丧归里。1069年（熙宁二年）服满还朝，仍授本职。他入朝为官之时，正是北宋开始出现政治危机的时候，繁荣的背后隐藏着危机，此时神宗即位，任用王安石支持变法。苏轼的许多师友，包括当初赏识他的恩师欧阳修在内，因在新法的施行上与新任宰相王安石政见不合，被迫离京。朝野旧雨凋零，苏轼眼中所见，已不是他二十岁时所见的“平和世界”。
苏轼因在返京的途中见到新法对普通老百姓的损害，又因其政治思想保守，很不同意参知政事王安石的做法。王安石和苏轼都是少年得志的人。王安石22岁考中进士，苏轼小王安石16岁，23岁那年考中进士，两人都被视为栋梁之才，而且皆以诗文名世。两人真正的交锋是从宋神宗熙宁二年（1069年）开始的。当时，苏氏兄弟服完父丧回到京师，苏轼被任命为直史馆、权开封府推事，而受到神宗信任，担任中书门下平章事（宰相）的王安石正大力推行变法新政，这样，两个大文豪同朝为官，争端便由此而起了。
王安石以“人言不足恤，祖宗不足法，天变不足畏”的勇气锐意改革也是令人起敬的。但关键的问题是，在错综复杂的社会情况面前，在以保守为天性，遵无动为大之教的国人、尤其是官僚士大夫面前，改革的动作到底是激进好或是渐进好？王安石思想竣急，无论是起用新人，还是施行新法，都体现了大刀阔斧的超常风格。而苏轼呢，他并非不主张变革，他只是希望不要“太急”了，因为“法相应则事易成，事有渐则民不惊”。因此，两个人的政见也就凿枘难合。苏轼认为新法不能便民，便上书反对。这样做的一个结果，便是像他的那些被迫离京的师友一样，不容于朝廷。于是苏轼自求外放，调任杭州通判。从此，苏轼终其一生都对王安石等变法派存有某种误解。苏轼在杭州待了三年，任满后，被调往密州（山东诸城）、徐州、湖州等地，任知州县令。政绩显赫，深得民心。
这样持续了大概几年，苏轼遇到了生平第一祸事。宋神宗在熙宁年间（1068年～1077年）重用王安石变法，就在变法到改制的转折关头，发生了苏轼乌台诗案。这案件先由监察御史李定告发，后在御史台狱受审。御史台自汉代以来即别称“乌台”，所以此案称为“乌台诗案”，“乌台诗案”的经过是这样的。
当时苏轼反对王安石变法的“急功近利”，就有监察御史舒亶、御史中丞李定等人，以苏轼的《杭州纪事诗》作为证据，说他“玩弄朝廷，讥嘲国家大事”，更从他的其它诗文中找出个别句子，断章取义地给予定罪，如：“读书万卷不读律，致君尧舜知无术”。本来苏轼是说自己没有把书读通，所以无法帮助皇帝成为像尧、舜那样的圣人，他们却指他是讽刺皇帝没能力教导、监督官吏；又如“岂是闻韶忘解味，迩来三月食无盐”，说他是讽刺禁止人民卖盐。总之，是认定他讥讽皇上和宰相，罪大恶极，应该处死刑。虽然他们都要苏轼死，但神宗皇帝不愿杀害他，只同意拘捕他，而且不同意苏轼在进京途中关入监狱过夜。
朝廷在七月二十八日将苏轼逮捕，八月十八日送到御史台的监狱。二十日，正式提讯。此时任宰相的王珪，指出苏轼歌咏桧树的诗句：“根到九泉无曲处，世间惟有蜇龙知。”隐刺皇帝：“皇帝如飞龙在天，苏轼却要向九泉之下寻蜇龙，不臣莫过于此！”新党指控苏轼“大逆不道”，要置其于死地。十月十五日，御史台申报苏轼诗案的审理情况，其中有苏轼数万字的交代材料，查清收藏苏轼讥讽文字的人物名单，计有司马光、范镇、张方平、王诜、苏辙、黄庭坚等二十九位大臣名士。李定、舒亶等欲置苏轼于死地而后快，但神宗一时举棋不定，因为太祖早有国策，除叛逆谋反罪外，一概不杀士大夫。
苏轼在狱写了《狱中寄子由》说“梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡”，无比凄惨。审讯者常对他通宵辱骂。巨大精神压力下，苏轼写下了“与君世世为兄弟，更结来生未了因”的悲惨诗句。因为儿子苏迈离开京城去别处借钱，把送饭的事交给朋友，但是忘了告诉朋友父子之间有约定：送饭只送蔬菜和肉食，若听到坏消息，才送鱼去。巧的是这位朋友恰恰送去熏鱼。苏轼大惊，就给弟弟苏辙写了上面两首诀别诗。诗作完成后，狱吏按照规矩，将诗篇呈交神宗皇帝。宋神宗读到苏轼的这两首绝命诗，感动之余，也不禁为苏轼的才华所折服。加上当朝多人为苏轼求情，王安石也劝神宗说：“圣朝不宜诛名士”。
神宗皇帝为了试探苏轼有没有仇恨天子之意，特派一个小太监装成犯人入狱和东坡同睡。白天吃饭时，小太监用言语挑逗他，苏轼牢饭吃得津津有味，答说：“任凭天公雷闪，我心岿然不动！”夜里，他倒头睡，小太监又撩拨道：“苏学士睡这等床，岂不可叹？”苏轼不理不会，用鼾声回答。小太监在第二天一大早推醒他，说道：“恭喜大人，你被赦免了。”要知道，那一夜可是危险至极啊。只要苏轼有一点牢骚和吃不香睡不稳的异样举动，危在旦夕。神宗遂下令对苏轼从轻发落，贬其为黄州团练副使。轰动一时的“乌台诗案”就此销结。
苏轼坐牢103天，几次濒临被砍头的境地。幸亏北宋时期在太祖赵匡胤年间即定下不杀士大夫的国策，苏轼才算躲过一劫。出狱以后，苏轼被降职为黄州（今湖北黄冈市）团练副使（相当于现代民间的自卫队副队长）。这个职位相当低微，并无实权，而此时苏轼经此一役已变得心灰意冷，苏轼到任后，心情郁闷，曾多次到黄州城外的赤壁山游览，写下了《赤壁赋》、《后赤壁赋》和《念奴娇?赤壁怀古》等千古名作，以此来寄托他谪居时的思想感情。于公余便带领家人开垦城东的一块坡地，种田帮补生计。“东坡居士”的别号便是他在这时起的。
宋神宗（1084年元丰七年），苏轼离开黄州，奉诏赴汝州就任。由于长途跋涉，旅途劳顿，苏轼的幼儿不幸夭折。汝州路途遥远，且路费已尽，再加上丧子之痛，苏轼便上书朝廷，请求暂时不去汝州，先到常州居住，后被批准。当他准要南返常州时，神宗驾崩。年幼哲宗即位，高太后听政，以王安石为首新党被打压，司马光重新被启用为相。苏轼复为朝奉郎知登州（蓬莱）。四个月后，以礼部郎中被召还朝。在朝半月，升起居舍人，三个月后，升中书舍人，不久又升翰林学士知制诰（为皇帝起草诏书的秘书，三品），知礼部贡举。欲知后事如何？且听下回分解。