这时宋金和议已经签订，秦桧害怕岳飞反对自己，于是秘密奏请高宗召还三位大将论功行赏。韩世忠、张俊已回到朝廷，唯独岳飞后到，秦桧又使用参政王次翁的计谋，等待岳飞六七天时间。岳飞到后，任命他为枢密副使，位在参知政事之上，岳飞坚决请求交还兵权。五月，诏令他同张俊一起到楚州部署边防，率领韩世忠的部队还驻镇江。
当初，岳飞在各位大将中年龄最小，从一个小校层层提拔起来，多次建立显赫战功，韩世忠、张俊心中不服，岳飞委曲求全甘居他们之下，幕僚中年轻气盛的官员劝说岳飞不要过于谦恭退让。金军进攻淮西，这里本是张俊负责的防区，张俊开始时不敢迎战，所以没能立功。岳飞听到命令立即行动，于是解了庐州之围，高宗授予岳飞两镇节度使，张俊更加感到这是一种耻辱。杨么平定之后，岳飞赠送张俊、韩世忠每人一艘楼船，武器装备齐全，韩世忠十分高兴，张俊反而认为这是岳飞故意羞辱他而怀恨在心。淮西之战，张俊以前方缺粮恐吓岳飞，岳飞没有因此而停止前进。高宗赐信褒奖，其中有语：“转运粮饷艰难险阻，但你却不加顾虑。”张俊怀疑岳飞泄露了自己的话，回到朝廷后，反而散布谣言说岳飞逗留不进，以缺乏粮草为借口。到这时视察韩世忠军时，张俊知道韩世忠忤逆秦桧，打算同岳飞一起瓜分韩世忠的背嵬军，岳飞顾全大义不肯这样做，张俊极为不高兴，等到和岳飞一起去楚州城，张俊打算修缮城池作为防备，岳飞说：“应当尽力谋取收复失地，怎么能做退守自保的打算？”张俊悖然变色。
逢韩世忠的军吏景著对总领胡纺说：“两位枢密使如果瓜分韩世忠的军队，恐怕会引起事变。”胡纺将此上报朝廷，秦桧把景著逮捕关进大理寺，准备以此煽动谣言诬陷韩世忠。岳飞迅速写信给韩世忠，把秦桧的用意告诉他，韩世忠面见高宗辩明自己。张俊因此极其憎恨岳飞，于是散布谣言说岳飞倡议放弃山阳，并且秘密地把岳飞给韩世忠写信这件事告诉秦桧，秦桧极为恼怒。
当初，秦桧将赵鼎逐出朝廷，岳飞常常对幕僚感叹惋惜，又把恢复中原作为自己的责任，不肯附和同金议和。阅读秦桧奏章，到“德行没有一定的师法标准，只要主张为善就可以师法”这句话时，厌恶他对皇帝的欺骗蒙蔽，愤怒地说：“君臣之间的伦常，根源于天性，臣下怎么能忍心当面欺骗他的主子呢！”兀术送给秦桧的信中说：“你每天都在请求和议，但岳飞却正在谋取进攻河北，必须杀掉岳飞，然后才能够议和。”秦桧也认为岳飞不死，终究要阻碍和议，自己也必然会遭到祸害，因此极力图谋杀死岳飞。由于谏议大夫万俟卨与岳飞早有怨仇，就暗示万俟万俟卨弹劾岳飞，又指示御史何铸、侍御史罗汝楫接连上章弹劾论说，大概意思是说：“今年春天金军进攻淮西，岳飞进军至舒州、蕲州而不再前进，近来他和张俊在淮河一带视察军队，又打算放弃山阳而不加防守。”岳飞多次上章请求罢免自己的枢密副使职务，不久又交还两镇节度使的官位，充任万寿观使、奉朝请。秦桧的意图还没有得到满足，又指示张俊下令逼迫王贵，引诱王俊诬告张宪策划迫使朝廷把兵权交还岳飞。
秦桧派遣使者逮捕岳飞父子证实张宪的事情，使者来到时，岳飞大笑说：“皇天后土，可以表明我的心迹。”秦桧开始命令何铸审讯岳飞，岳飞撕开衣服把脊背给何铸看，上面有“尽忠报国”四个大字，字迹深入皮肤之中。不久查实缺乏证据，何铸说明岳飞无辜。秦桧又改命万俟卨审理。万俟卨诬蔑岳飞曾写信给张宪，让张宪谎报敌情以耸动朝廷，岳云也写信给张宪，让张宪采取措施让岳飞回到军中；并且说这些书信已经烧毁。
岳飞被关押两个月，没有找到可以证明他有罪的证据。有人教万俟卨以御史台奏章所指责的淮西一事为借口陷害岳飞，万俟卨高兴地报告秦桧，查抄登记岳飞的家产，取走当时高宗写给岳飞的书信收藏起来以灭迹。又逼迫孙革等人证明岳飞接到高宗诏令后仍逗留不进，命令大理寺评事元龟年把岳飞行军日程颠倒排定，用来附会岳飞冤案。这年岁末，这件案子还是没有成立，秦桧亲自写了一张纸条交给监狱，监狱当即报告岳飞死亡，当时年仅三十九岁。岳云被斩首弃于闹市，登记并没收岳飞的全部家产，全家被迁徙到岭南。岳飞的幕僚于鹏等六人也被牵连定罪。
岳飞一案准备上报时，韩世忠愤愤不平，到秦桧那里质问真凭实据，秦桧说：“岳飞儿子岳云写信给张宪这件事虽不明确，但这件事情或许有的。”韩世忠说“：‘或许有’（莫须有）三个字，怎么能够使天下人信服？”当时洪皓正出使金国，派人迅速送回一封蜡书上奏高宗，说金国所畏服的只有岳飞一人，甚至称呼他为岳爷爷，金国将领听说他已被处死，举杯互相庆贺。
秦桧死后，朝廷讨论恢复岳飞官职。万俟卨说金正愿意讲和，一旦录用以前的将领，会使金人怀疑朝廷讲和的诚意，不能这样做。到绍兴末年，金国更加猖獗，太学生程宏图上书为岳飞申冤，皇帝下诏允许岳飞家属自行选择居处。当初，秦桧厌恶岳州和岳飞姓氏相同，将岳州改为纯州，至此才恢复原来岳州的旧称。御史中丞汪澈巡视荆襄地区，岳飞过去的一些部下联合写信申诉岳飞的冤屈，哭声如同雷震。孝宗诏令恢复岳飞的官职，以相应的礼仪改葬，赐给岳飞家属钱一百万贯，寻找岳飞的后代，全部授予官职。在鄂州建立祠庙，称为忠烈庙。淳熙六年(1179)，封岳飞谥号为武穆。嘉定四年(1211)，追封岳飞为鄂王。
岳飞的文才自不必说，数十首诗词足以说明。除此之外，他爱好读书，书法颇佳，时人称“室有邺架”、“字尚苏体”（邺架，形容藏书极多；苏体，苏东坡书法甚好，岳飞学的便是苏体）。他还爱与士子文人交往，“往来皆高士”。
公元1162年6月，宋孝宗继位，罢黜秦桧党人，彻底为岳飞平反，为岳飞立庙，重建岳飞墓，岳飞墓前跪着四个人。一是主谋杀害岳飞的卖国贼秦桧。宋高宗赵构认为，若岳飞把宋钦宗赵桓救回来，届时自已的皇位是否坐稳是个未知数。秦桧看准了宋高宗赵构这一心思。决心迫害抗金将领，特别是岳飞，因为岳飞的赫赫战功不仅令张俊嫉妒，更令秦桧嫉恨。秦桧设计杀害岳飞，韩世忠气愤不平，责问秦桧。秦桧竟说：“岳飞父子谋反的事，虽不明，其事体莫须有。”意即君要臣死，臣不得不死。韩世忠听了，愤慨道，“‘莫须有’三字，何以服天下！”二是杀害岳飞的万俟卨 秦桧命与岳飞有隙的谏议大夫万俟卨，审判岳飞严加拷问，将岳飞拷问得死去活来，只是无供，万俟卨又用笔砚逼他书供，岳飞只写了“天日昭昭，天日昭昭”八个字，再也不肯写了。万俟卨无法，就伪造口供给秦桧杀岳飞。三是参与谋害岳飞的将领张俊，张俊早与秦桧勾结害岳飞，秦桧指使张俊，诬告岳飞的爱将张宪叛变，张宪被押到大理寺严刑逼供，张宪宁死不屈。张俊伪告口供，诬陷张宪与岳飞谋反，处死岳飞，岳云，张宪。四是参与杀害岳飞秦桧的老婆王氏 秦桧正与老婆王氏，东窗下，围着火炉饮酒，忽然门上传进一书，秦桧看时，这是万俟卣投来的。书中说是建州布衣刘允升，招集士民，为岳飞讼冤，恐久悬不决，或有他变，故特请示办法。秦桧阅书，很觉为难。王氏便伸手过来，取书看了，笑道：“这有何难，除灭了他，免得他人再来多言就是了。”秦桧尚踌躇不决。王氏又道“从来说的，缚虎容易，纵虎难，相公岂不知么？”秦桧听了，其意乃决。遂取纸写了数语，令人送于狱史。这一日夜间，便报岳飞死于狱中，年三十九岁。有道是：“青山有幸埋忠骨，白铁无辜铸佞臣”。欲知后事如何？且听下回分解。