孙恩看到了刘裕实力不足，于是率大军进攻。刘裕出道以来，就没当过缩头乌龟，不管是敌人来多少，一定是要迎头痛击。这次也照例没有进行防守，而是选择了进攻。挑选胆大敢玩命的将士数百人，将甲胄脱下，光着膀子，手持短刀出战。
在战鼓的轰鸣声中，刘裕亲自率领敢死队进攻，一刀剁了义军大将姚盛。浑水摸鱼的都怕玩命的，义军的士气在一瞬间就丢掉了，狼狈的丢盔弃甲而逃，跑得慢的死于非命。
刘裕再一次创造了以少胜多的奇迹，但是，义军在不久之后卷土重来，继续围困海盐。
刘裕觉得这么熬下去不是办法，眼睛一转想到了一个鬼主意。在一天深夜之中，命令部下将城头的旗帜扯下来，将精锐士卒藏匿起来，城头上派了几个老弱病残，一走路直打晃的士兵站岗。
第二天一早，义军又来攻城，看到城头上的几只病猫，觉得很奇怪，于是扯着嗓子问这是怎么回事。城头上的老兵无精打采的回答说：“夜已走矣。”
这么一个漏洞百出的圈套让义军信以为真，由此可见，这一群流氓根本就没有什么智慧，刘裕能把他们玩弄于鼓掌之间也就不足为奇了。义军以为得到了抢劫的好机会，于是争先恐后的向城内涌去，打算捡点儿洋落儿。
义军刚刚进入城内，刘裕的小弟关闸落锁，然后伏兵尽出，密如狂风骤雨的箭矢漫天飞舞，一片一片的射倒捡洋落的，然后就是短兵相接，义军被打得大败，死伤枕籍。
孙恩中了刘裕的奸计，死了不少信徒，终于知道这小子不好惹，于是率军撤退，向别的地方进军。刘裕看到孙恩退兵，当即舍弃了海盐，挥军追击。
五月，孙恩率军攻陷了朝廷重兵防御的沪渎垒（今黄浦江下游），杀掉了东晋朝廷的吴国内史元淞，然后屠城，斩杀兵民四千余人。
刘裕率军尾随而至，在娄县（今江苏昆山东北）消灭了一支义军，但这些兵力的损失，对于家大业大的孙恩来说，实在是不值一提。
六月，南方骄阳似火，太阳热情的烘烤着南国的地面。孙恩拥兵十余万，楼船千余艘，沿长江逆流而上，袭取丹徒。
丹徒是建康的门户，一旦丢失，江南不保。朝廷大为震惊，内外戒严，急调军队防守都城。
刘牢之率军驰援，在山阴拦截义军，然而，山路难行，还没有赶到预设阵地，义军主力已经越过了山阴。看着叛军远去的帆影，刘牢之无奈，急令刘裕率军增援丹徒。
刘牢之知道，刘裕军队不足千人，连日血战，人困马乏，本不应该承担如此沉重的任务，但丹徒守军已成惊弓之鸟，没有斗志，根本就不能指望。国家的唯一希望就在刘裕的肩上。
刘裕得到了命令，立刻率军投入战斗，但他还是慢了一步，孙恩的数万大军已经抢先占据了战略要地镇江之蒜山。
蒜山是一座历史名山，民间俗称为云台山，古名蒜山，以出山蒜著名，至今山上至今仍多的野蒜，株微细，似韭叶，根部如蒜，独头，可食用，蘸大酱最好，当然是东北的农家大酱。山下是长江的古渡口，那时叫蒜山渡，诸葛亮曾经在这里策划了赤壁的那场大火。
蒜山地势险要，易守难攻，没有敌人数倍的兵力是不能进攻的。刘裕可不管那些，也管不了那么多，他手里就这么几个人，想要更多人也没地方淘弄去，而这仗不能不打。到了山前，刘裕简单的看了一下地势，立刻驱动军队攻击前进。刘裕拎着大刀带头前进，谁挡着就剁谁，手下的军队奋勇攻击，人人奋勇，以寡胜众，一战击溃了孙恩的主力，将义军压缩在狭小地域。义军陷入了绝地，跳悬崖、投水自尽的无计其数。
刘裕占据了蒜山天险，挡住了义军进攻建康的道路。孙恩遭到了空前的惨败，无奈之下退到了船上。孙恩不甘心失掉唾手可得的胜利，打算继续进攻建康，夺取东晋朝廷的首都。
在长江沿岸，朝廷后将军司马元显率军阻击义军，被义军轻描淡写的就给打败。但因为义军的楼船行动迟缓，数日之后才到达白石磊（今南京市西）。因为刘裕的阻击，义军登陆蒜山，然后陆路攻击前进的计划泡汤，被迫走水路，贻误了战机，刘牢之率领北府兵追随而来。
北府兵的到来，形势彻底逆转，建康已经无法攻克。孙恩率军避开了北府兵，向北方攻城略地。
当年八月，朝廷任命内战有功的刘裕为建武将军，下邳太守，统帅水军追击孙恩的义军。
刘裕终于混大了，掌管了朝廷的水军，能够独自进行大的战斗。刘裕意气风发，率军攻击义军，捷报频传，孙恩的义军屡战屡败，折损了一万多人，不得不退出了长江沿岸，再一次逃到海岛躲藏。
东晋元兴元年（公元402年）三月，孙恩进攻临海（今浙江临海），被临海太守辛景率军击溃，孙恩害怕被俘，乃赴海自沉。五斗米道信徒认为他已成“水仙”，投水从死者百有余人。
孙恩事件给了朝廷很大的打击，都督朝廷军事的谢琰因骄傲大意而兵败被杀，从此门阀士族失去了控制朝廷的权力。这就给出身贫寒的刘牢之、刘裕等北府兵将领提供了上位的机会，意味着豪族的第一块多米诺骨牌倒塌。
动乱之后，地方百姓盼望官军尽快收复失地，还百姓和平。但让他们失望的是，朝廷的军队没有比孙恩的军队更乖，如狼似虎的抢劫，大发国难财，搞得十室九空。百姓们无比失望，拖家带口的躲藏到深山老林，以至于各地郡县城中都见不到人影，过了一个多月才渐渐有人回来。在一片兵荒马乱的萧瑟之中，唯有刘裕统辖的军队军纪严明，秋毫无犯，因此一路上受到百姓的欢迎，从而名声鹊起，获得了广泛的民意。
公平的说，每一个成功都是有原因的，没有人随便就会成功——至今都没见过天上掉下过馅饼。如今的刘裕战功和名望都蒸蒸日上，成了孙恩事件中最大的受益者。