为了分化荆州军，司马道子采纳桓冲之子桓修的建议，任命桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，桓修为荆州刺史，而贬黜殷仲堪为广州刺史。

殷仲堪一听诏命就明白了，原来几个出牌的都赢了，只有自己这个坐庄的是输家！因此大为恼怒，拒绝执行上级指示，催促桓玄、杨佺期进兵。桓玄、杨佺期得到了好处，不想出兵，磨磨蹭蹭的不听招呼。殷仲堪一气之下立刻回军荆州，遣使告谕自己的小弟说：“你们如不各自散归，我到江陵便剁了你们的家人。”

这可是比狠毒还要狠毒的威胁，谁不怕谁是孙子。于是，杨佺期的小弟刘系立即违抗军令，带领二千人西上。桓玄等人大惧，都赶快撤退，至寻阳才赶上殷仲堪。

聚在一起一商量，大家才明白，现在着了朝廷二桃杀三士的道儿。特别是桓玄由于兵力有限，羽毛未丰，需要殷仲堪相助。殷仲堪丢掉了荆州刺史，也需依仗桓玄的声望。出于共同的目的，三人便在寻阳重新结盟，这一次，风水变了，桓玄被推为盟主。大家共同约定，不接受朝廷诏命，联名上书朝廷，为王恭伸冤，要求处死司马尚之，刘牢之等人。司马道子被迫让步，将出主意的桓修撤职查办，宣布恢复殷仲堪的荆州刺史。

一座山容不下两只老虎，一公一母的除外。不久，这几个难兄难弟之间的联盟出现了裂纹。这就要怪桓玄小人得志。这次起兵，桓玄空手套白狼，取得了江州，拥有了最为富裕的地区，得到最大的实惠。这小子被推为盟主后，更加狂妄自大，经常挖苦杨佺期，你的祖上就是一个卖茶叶蛋的，有啥好得瑟的。而杨佺期为人骄悍，到处宣传自己门庭显赫，祖上是有钱人，来自北方高门弘农杨氏，甚至口出大言，瞧不起江东豪门，最恨别人揭自己的短。在盟誓坛上就想发难剁了桓玄，动手之际，被殷仲堪制止了。殷仲堪也不是对桓玄情深意长，而是害怕桓玄一死，杨佺期再对自己下手。桓玄觉察到杨佺期对自己不满，觉得留着是祸害，因此暗中打定了主意要灭了他。日子久了，殷仲堪担心桓玄跋扈，遂与杨佺期结为婚姻，相互支援。桓玄敌不过殷、杨二人，害怕被暗算，决定赌一把，于是上书朝廷，要求扩大管辖区域，壮大实力。

司马道子、司马元显父子鼠目寸光，一切看眼前，看不到以后，也想借机挑起矛盾，扶植桓玄，让他们互相残杀，以达到坐收渔翁之利的目的，但他们没有想象一人独大的后果是什么。于是下令分杨佺期所督长沙、衡阳、湘东、零陵四郡归桓玄管辖，又任命桓玄的大哥桓伟取代杨佺期之兄杨广为南蛮校尉。杨佺期被打了土豪，火冒三丈，一股怒气无法发泄。正在这时，后秦老板姚兴进攻洛阳，守军派小弟求救。杨佺期有了理由，即刻调集人马，声称援救洛阳，实则是想联合殷仲堪共击桓玄。

殷仲堪权衡了自己的实力，觉得自己就是楚汉相争中的韩信，帮谁谁就赢，问题是，一旦赢了的这一方得势，自己难免不被剁了。因此顾虑重重，既畏惧杨佺期兄弟骁勇，不敢得罪。又担心桓玄一旦被击灭，杨氏兄弟得势，自己反而受害。反正这一次自己没有损失什么，没有必要趟这趟浑水，不仅自己置身事外，他们也不能打起来，因为这是力量平衡的问题。于是极力阻止杨佺期动手，为了加重语气，派出军队在北境驻扎，摆出一副你不在老家待着，我就要去踹门的架势。杨佺期孤掌难鸣，更害怕殷仲堪抄自己的后路，只好忍气吞声，偃旗息鼓，乖乖的将土地交出去。

东晋隆安三年（公元399年），荆州连日暴雨不绝，长江泛滥成灾，平地水深三尺，民宅都养鱼了。殷仲堪守土有责，开仓赈恤饥民，仓库空竭，数日之间，财政破产。桓玄早就存了夺取荆州的想法，见时机已到，率军乘机西出。

首先袭取了屯积粮草的巴陵，然后哄骗梁州刺史郭铨，告诉他朝廷即将北伐，命令郭铨为自己的前锋。郭铨这个锤子竟然相信了这通鬼话，将强大的江夏军队拱手交出。桓玄一招得手，督诸军并进，继而进兵杨口（今江苏涟水县），击败殷仲堪之侄殷道护的棒子队，随后占领距江陵二十里的零口。殷仲堪见大势不妙，急召杨佺期相救，终因粮草奇缺而惨败，杨佺期兵败被俘。殷仲堪走投无路，率领数百人投奔后秦老板姚兴，刚刚跑到冠军城，被桓玄的小弟冯该截获，押送到广陵。桓玄根本不给老同志面子，将这两个倒霉蛋剁了。

东晋隆安四年（公元400年）三月，桓玄一举夺得荆、雍二州，话语权增加了，随即上表朝廷，要求领荆、江二州刺史。朝廷现在根本不敢招惹桓玄，立刻授予桓玄都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁七州诸军事，后将军，荆州刺史，假节。但朝廷也搞了一个小动作，任命忠于朝廷的桓修为江州刺史。桓玄不满意，上书抗议，坚持领江州，少一个都不行。朝廷整不过他，加桓玄都督江州及扬豫八郡诸军事，并领江州刺史。桓玄得寸进尺，又提出以大哥桓伟为冠军将军，雍州刺史，以侄子桓振为淮南太守。朝廷这回学乖了，知道这小子犟，硬顶没用，于是照准。

这时，浙东一带的农民起义风头正劲，流氓头子孙恩手下打手众多，势不可挡，朝廷忙于派兵镇压，北府兵精锐尽出远征，没有功夫搭理桓玄。司马元显代父执掌朝政后，继续用佞臣，树亲党，聚敛无度，朝纲紊乱，没有凝聚力。加之桓氏子弟布列朝野，势力强大，因此，桓玄的种种非分之求，朝廷都有求必应。

桓玄独霸荆楚，兵强马壮，执掌了东晋半壁江山，于是广树党羽，安插小弟。任命大哥桓伟为江州刺史，镇守夏口；任命司马刁畅为辅国将军，督八郡，镇守襄阳；派遣小弟桓振、皇甫敷、冯该戍守湓口，控扼寻阳。迁徒沮、漳未开化的蛮人两千户于江南，设立武宁郡安置；招集流民，设立绥安郡，让自己的小弟担任新城市的领导。到处安插了爪牙还不放心，又在各郡安插小弟为郡丞，替自己掌管地方财产。

朝廷看到桓玄实力强大，因此调整了人员部署，下诏征调广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之入朝上任。桓玄控制了重要交通要道，将这批即将上任的地方大员扣留，不让他们上任。

控制了广大地区，桓玄踌躇满志，自以为东晋天下三分有其二，成功控股朝廷，司马家的股本不多了，积极准备收购司马家产业。