拓跋珪在这一仗中感受到了燕军的厉害。一年之后，他乘着刘显部兄弟相争，再次向慕容垂借兵，慕容垂又让慕容麟出兵相助。刘显把刘卫辰上贡后燕的马匹给抢了下来，慕容垂对此大怒，派侄子太原王慕容楷增援慕容麟。楷、麟与拓跋珪会战刘显，大获全胜，刘显逃到西燕。后燕夺得了刘显的部众和牲畜，拓跋珪则基本收复了什翼犍时期的代国地盘。

慕容垂接下来花了五年时间经营自己的北方领土，这期间他消灭河北一带的叛军，收复清河、渤海等地，征服了北方比较强大的贺兰部，加上这之前慕容农已经率军击败高句丽，占据辽东，后燕巩固了自身统治，成为北方强国。

攻灭翟魏转眼到了建兴七年（392），他也年近古稀。鉴于河南一带丁零翟氏的朝三暮四、一再叛独，慕容垂亲自带兵征讨翟钊。翟钊向慕容永求援，但慕容永听从尚书郎鲍遵的话，坐山观虎斗，未曾向翟钊发兵相救。慕容垂先把营寨迁到黄河上游四十里处的西津，造了数百艘牛皮船，载上一些兵士车仗，开始渡河。丁零翟钊在下游听说这一消息，果然带了军队前往西津抵抗。这时慕容垂才派留在黎阳慕容镇的军队连夜渡过黄河，在河南扎营。第二天早上，后燕的军队已经在河南驻了不少人的大营了。翟钊得知此事又赶到下游打慕容镇，慕容镇坚守一段时间后，上游的后燕大军也已乘机渡过了黄河，燕军两路夹击，翟钊全军溃败而走，慕容垂率军追击，翟钊只身逃到西燕，后又被慕容永杀死。

消灭西燕仅过了一年，慕容垂开始筹备攻打西燕。后燕将领又显得顾虑重重，认为后燕士兵连年征讨，十分疲惫，有待休整。只有范阳王慕容德同意伐西燕。慕容垂很高兴地说：“吾计决矣。且吾投老，扣囊底智，足以克之，不复留逆贼以累子孙也！”以确立后燕的正统性与后世安定.建兴九年（394），慕容垂大军在邺城西南集结，却一个多月不向西燕境内进发。慕容永开始疑神疑鬼，怀疑慕容垂会从太行山山道突入其境，赶紧分兵去封锁太行山口，在正面防御点台壁只留下一支军队。慕容垂等见此情景，遣部从台壁进攻，两军一交手，西燕溃败，台壁遭围。慕容永只得又从太行山召回守军五万多人，然而刁云、慕容钟军无斗志，投降了后燕。慕容垂在台壁以南摆下阵势，与慕容永会战，事先还安排了骁骑将军慕容国的精锐骑兵做埋伏。慕容垂假装败退，将西燕军引入包围圈，慕容国从其背后杀出，一场大战，西燕军光被斩首的人数就达八千，重镇晋阳也跟着丢失。慕容永退守国都长子，向东晋和北魏求救。两方的援军尚未赶到，西燕别部的大逸豆归手下的将领便打开城门迎入慕容垂。慕容垂将慕容永和他的公卿大将悉数斩首，西燕灭亡。燕魏交兵后燕在灭冉魏吞西燕后，慕容垂建立的后燕也随之转盛而衰。

慕容垂在南征北战的过程中留下了一内一外两大隐患。其内部的隐患，便是慕容家好内斗。慕容鲜卑在慕容垂及其子侄这两代可谓人才济济，如慕容垂异母弟范阳王慕容德，儿子慕容宝、赵王慕容麟、辽西王慕容农、高阳王慕容隆，侄子太原王慕容楷、陈留王慕容绍。这些人在后燕平定北方时各自叱咤一方。后燕国土占据着半个北中国，其东北是慕容农，东南是慕容德，西北是慕容麟，又慕容隆、慕容绍、慕容楷分别居于东、南、西，中央需要较大的向心力。慕容垂年纪已大，把国事大事交给太子慕容宝，慕容宝才大智粗，不堪其任。后燕外部的隐患源自与北魏的外交。后燕消灭丁零翟氏的前一年，慕容垂为了平定北方，再次出兵帮助了臣服于后燕的拓跋珪。拓跋珪凭借后燕的援兵，与刘卫辰展开决战，一举将其击溃，并乘胜占据了铁弗部的领地。刘卫辰在乱军中被杀，五千多刘氏宗族被拓跋珪全部斩首，扔进黄河。

拓跋珪驱走铁弗，掠夺百万计的牛羊马，势力大增，逐渐萌生问鼎中原的野心。388年八月，拓跋珪专门派自己的堂兄拓跋仪前往中山探听虚实。慕容垂接见了拓跋仪，诘问他：“魏王怎么不自己来？”拓跋仪答道：“我们拓跋氏自先人以来，居住在北方，至今仍是如此。当年先王拓跋猗卢被晋朝皇帝封为代王，与你们的祖先共事一朝，彼此都是兄弟。现在我奉命出使，并无失礼之处。”慕容垂又问：“朕兵强马壮，威加四海，你们主公竟敢不来见朕，怎么可以说没有失礼之处呢？”拓跋仪摇头道：“燕国如若不修文德，以为靠着强大的军力就能够称霸天下的话，那就得问问我国的将帅，轮不到我这个使臣来说话了。”拓跋仪一席话说得有理有节，慕容垂就放了他。拓跋仪回来对拓跋珪说：“燕国皇帝年老，太子暗弱，范阳王慕容德又很自负，恐怕不会安心做少主的臣子。只要慕容垂一死，燕国必有内乱，到时候天下自然是我们的，现在还不是动手的时候。”拓跋珪很是高兴，便暗中积蓄力量，以待天时。事件导火线始于慕容子弟强行扣留拓跋觚。建兴七年（391）七月，拓跋觚出使燕国，当时慕容垂年已衰老，慕容氏子弟主持着一些政务，为了要求北魏进献良马，强行扣留了拓跋觚。拓跋珪不给，与后燕断绝了外交。

两年后，后燕军攻打西燕，拓跋珪不念燕、魏从前同盟多年，积极出兵援助慕容永，此事令慕容垂很恼火。

主条目：参合陂之战灭西燕后，慕容垂本已身染重病，不想用兵，但在慕容宝等人的怂恿下，于建兴十年（395）五月派慕容宝、慕容农、慕容麟率领大军八万伐魏，又让慕容德、慕容绍另率步骑兵一万八千人做后继。散骑常侍高湖苦谏，惹得慕容垂大怒，免了他的官。[94]慕容宝的军队开到五原（今内蒙古包头西北）的黄河北岸，南岸的拓跋珪先派人在中山到五原的路上截获后燕传送消息的使者，使得连续几个月慕容垂的消息都无法传到后燕大军营中。拓跋珪又拉上抓来的后燕使者到黄河岸边喊话：“你老爹已死，还不早早回去！”慕容宝等人此时又担心又害怕，后燕的士兵们更是军心动摇。[95]后燕的军队处境艰难，这边拓跋珪则安排停当，他派拓跋虔、拓跋仪各领数万骑兵驻扎在河东、河北，又让拓跋遵领了七万骑兵悄悄地绕到了燕军的东南面，也就是燕军的退路上。

从九月开始，燕军和魏军在五原一带相持近一个月，慕容宝的军队从一支骄兵变成了羸兵，慕容宝虽然心中发虚，却没有撤退的意思。慕容麟手下有个叫做慕舆嵩的部将觉得慕容垂是真的死了，纠合部将作乱，拥立慕容麟做皇帝。事情败露，慕容宝把慕舆嵩等人给杀了，宝、麟两人由此互相猜忌。

燕军就在这样的状况下支撑到了十月底，此时的五原地区已是寒风凛冽，冬日来临，慕容宝下令烧掉渡船撤军。当时的黄河水还未结冰，慕容宝认定魏军没有足够的船只，不可能渡河追击，无须采取任何防备措施，燕军一路向东撤去。拓跋珪在南岸并未马上行动，燕军撤退后的第八天，天气突变，刮起暴风，河水迅速冻合。拓跋珪大喜过望，留下所有辎重，连夜点起二万精锐骑兵，全速冲过黄河，朝着燕军撤退的方向追去。

疲惫不堪、士气低落的后燕军队走到参合陂（今内蒙古凉城岱海），已近傍晚时分。“天有不测风云”，这个时候一阵大风平地而起，只见一道黑气如长堤一般，自燕军身后铺卷而来，最后完全罩住了整个军队。士兵们本已十分脆弱的心灵又蒙上一层阴影，一个名叫支昙猛的和尚顿觉不安，向慕容宝进言：“狂风暴虐，乃是魏兵将要来到的征兆，我军应当作好抵御准备。”满以为魏军早被抛下很远的慕容宝只笑不答。支昙猛再三请求，在旁边听得不耐烦的慕容麟气呼呼地说：“以殿下的神武，我军的强盛，足以横行沙漠，小小的索虏（燕人鄙视同宗的北魏，骂其为索虏）岂敢远道追来？应该把这该死的和尚斩首示众以消顾虑！”支昙猛痛哭流涕：“苻坚拥百万雄师，却大败于淮南，正是由于恃众轻敌，不相信天道的缘故啊！”司徒慕容德见此情景，支昙猛也算一片忠心，于是也劝慕容宝听从支昙猛的话，慕容宝这才让慕容麟带上三万骑兵殿后以防万一。慕容麟根本不信支昙猛的胡话，在大军后面放纵士兵四处游猎，不做好设防准备。

魏军昼夜兼程、连日急行军追赶。乙酉，魏军在暮色里终于赶到参合陂西面。燕军又走了一段路，就停下脚步，在参合陂东边的蟠羊山南面依水扎营。拓跋珪发现燕军近在咫尺，连夜部署进军计划，各将领分别带兵，士兵衔枚，战马束口，暗暗向燕军靠近。第二天日出时分，魏军全部登上山顶，脚下便是燕军大营。这时燕国的士兵们正伸着懒腰，缓步走出营寨，准备向东进发，猛一回头，眼前竟是严阵以待的北魏军队。燕军顿时慌作一团。拓跋珪手一抬，二万精骑兵以排山倒海之势冲杀过来。燕军纷纷逃入水中，人马相互践踏，踩死的、淹死的数以万计。拓跋遵率部转到燕军前方进行阻截，燕军最后一道心理防线终于崩溃，四五万人全部乖乖地放下武器，举手投降。从乱军中逃出的不足数千，慕容宝、慕容农、慕容麟、慕容德等人凭着马快，才捡了性命。慕容垂的侄子燕右仆陈留悼王慕容绍也不幸战死，其余被生俘的慕容氏等文武将吏数千人。魏军获得燕军数以万计的兵甲粮货。

拓跋珪大获全胜，他从燕军的俘虏中挑了些可用之才留在北魏，其余的人准备悉数发还衣物粮食，遣送回国，也是借机招揽中原人心。他的中部大人王建说：“燕国强盛，这次倾全国之力前来，我军侥幸取胜，不如杀掉降卒，将来它们再无可用之兵，打败他们就易如反掌了！”拓跋珪叹道：“若听从你的话，只怕我将陷于不仁不义之地。”然而魏国的将领对后燕尚心有余悸，都认为王建说得有理，拓跋珪便下一道命令，将四五万后燕士兵全部活埋！

慕容宝回到中山，向父亲陈述失败的惨状，竭力请求再次伐魏。旁边慕容德又说：“索虏碰巧打了这场胜仗，打心眼瞧不上太子了，如果不以陛下的神武把他们制服，恐怕后患无穷。”七十岁的慕容垂听了这话，决定亲自出征，为身后的燕国谋取生存的空间。他让慕容隆和慕容盛调集旧都龙城的精兵来到中山，约定次年（396）大举西征，攻打北魏。

军容精整的龙城精骑进入中山，后燕的士气重新振作。三月，慕容垂亲率燕军秘密出发，凿开太行山道，出其不意地直*北魏占据的平城（今山西大同）。拓跋虔的三万军马驻守此地。慕容垂派慕容农和慕容隆率领龙城精兵充当前锋，突袭平城。拓跋虔一向不设防备，看到燕军来攻，才仓促出战，龙城兵是燕国战斗力最强的鲜卑旧部，一个个奋勇争先，如下山猛虎，魏军招架不住，拓跋虔战死，残部全部被后燕收编。拓跋虔是拓跋珪的弟弟，在北魏威望不小，他的死讯传来，拓跋珪大惊失色，就想逃走，北魏各部都开始心怀二意，拓跋珪竟不知往哪里逃。

病重身亡燕军一路前行，慕容垂来到了昔日战场参合陂。万人坑上的泥土犹新，曾经还是生龙活虎的数万士卒已成堆积如山的尸骨，无数冤魂仿佛还在山间飘荡。燕军设下祭坛，死难将士的父兄一起放声痛哭，声音响彻山谷。白发苍苍的慕容垂面对此情此景，心中又惭又恨，那最后一点战斗的气神再也无法坚持下去，哇的一口鲜血吐了出来，旧疾发作，乘着马舆前进，在平城西北三十里休整。慕容宝等人的前军也只好全部撤退。拓跋珪得到后燕叛卒的消息，本想乘隙追赶，听说平城沦陷，便引兵退回阴山。慕容垂在平城停留了十天，修了座燕昌城（欲昌则不昌），便匆匆返回，他在归途中病逝于上谷郡的沮阳（今河北怀来东南），终年七十一岁。