东北士民的推举没有被清廷接受，不过后来的黑龙江将军、吉林将军也一再要求清廷重用程德全。1901年2月，程德全被清廷擢升以直隶知州用，赏戴花翎加三品衔。1902年9月，吉林将军长顺委程任三姓办理善后交涉兼办筹饷缉捕事务。1903年冬，沙俄拖延在东北撤军，日俄战争正在酝酿中。清廷急需能员赴东北。但这时清廷在东北传统的统治基础已经瓦解，危机来临，乏人可用，不得不有所改变。

1903年12月28日慈禧在京召见程德全，垂询黑龙江事务，程的回答让慈禧很满意，被擢升为道员，翌日又加副都统衔、署理齐齐哈尔副都统。

副都统是带兵官，对程德全的任命，既是越级提拔，又打破了东北不用汉人的惯例。据说，慈禧在任命之前，招待外宾，俄公使夫人在慈禧面前也盛赞程德全，促成了慈禧对程的破格提拔。1905年5月15日，清廷任命程德全署理黑龙江将军，全权处理全省军政事务。

1907年初，清廷将东北改为行省，以袁世凯官僚集团的徐世昌为总督，程于5月7日仅被任为署理黑龙江巡抚，职权削弱，显然是受到袁世凯官僚集团的排挤。为此，程被迫一再称病奏请开缺。1908年3月，徐世昌即以程“腿疾未愈”，建议军机处“赏假数月，回籍就医”。是月19日，清廷即将程德全署理黑龙江巡抚一职开缺。

晚清民初，国家走向大乱之世，程德全施政“以保全生灵为主”，可说是他的核心。为人也豁达大度，乐善好施。他的原配夫人秦氏，与他一起颠沛流离，不幸于1903年去世。当时，他的经济地位虽然改善了，但仍常常负债。程德全受袁世凯集团排挤去官后，就回家省亲。

儿子达后光宗耀祖，程大观十分高兴。他鉴于过去长年穷困生活，推己及人，嘱咐儿子筹集多年积蓄下来的养廉银一万两，购买田地，准备用这些田地上的收入，来周济同族中贫苦无告的人。他要让程氏族中的人没有一人挨冻受饿。这是宋代名贤范仲淹创设的社会救助系统，为历代贤者所仿效，有的家族中的有心人家，甚至经过几代人的努力，才创设起这套救助系统。

正值筹备之际，朝廷重新起用程德全，召其进京。程德全匆匆自家起程，父子俩来不及商量有关办法。于是，在清明春祭的时候，程大观把全族的人都召集一起，将银子分赠给族里贫困的人，让他们拿了钱自己去力图生计，并且对于鳏寡废疾的人，也根据不同情况，给予救济。这一万两银子就一下子分完了。程氏的这一豪举，轰动了乡里。

程德全自秦夫人去世后，续娶刘氏夫人。刘夫人看到程德全性格豪放，手头宽松，不是长久之计，但屡劝无效，就悄悄地积蓄起一笔钱来，以防程德全失势后陷入贫困。

1908年11月，光绪、慈禧相继去世，政局大变。1909年初，摄政王载沣将徐世昌内调，任锡良为东三省总督，程德全也重新被起用，于5月23日任署理奉天巡抚，旋实授。但奉抚一职与总督同城，属政制改革精简机构的范围，遂于1910年4月28日裁撤，程被调任江苏巡抚。

程德全任江苏巡抚的时候正值辛亥风云降临，危机严重，此时此地此职，他又有了令人眼晴一亮的表现。程德全到任后，在致中枢人士的信中表示说：“士绅学问向占优胜地位，近来东西文明输入，而知识亦愈日新，加以张殿撰謇诸人为之导师，力加提倡，将来吾全国之教育模范，殆将取法于兹。”

他在江苏非常尊重张謇的意见，与当地士绅也关系良好，在危机时期挥了重要的作用。同时，他也坚强表示：“德全办事，向不畏难，只有深自刻励，务以静专之主义，为治己之方；以立定脚跟，相机因应，为治人之策，如是而已。”

当时，江苏地区的立宪运动开展得十分热闹，张謇是运动的领袖。程德全全力支持张謇召开国会、建设责任内阁的主张。他和督抚们也有广泛的联络，希望挽救清廷的统治危机。1910年10月25日，程德全列名东三省总督锡良领衔的主张内阁、国会同时设立的奏折。迫于各方面的要求，清廷于11月4日宣布宣统五年开设国会。但程德全并没有因此对时局表示乐观，他继续要求清廷“赶速简派内阁总理”。他在给湖广总督瑞赝的电报中坦率表露说：“目前内外人材不过如此，筹备清单改亦无效，不改亦无效；筹备事项缓亦无效，急亦无效，是可断言者也。政党不立，徒法不行，故今日除催设内阁外，竟无第二语可说。催设内阁，非谓天下从此治也，但设一总理，以供人民推翻之资料而已。”这份电报体现出程德全强烈的危机意识，也充分意识到清廷的。

程德全在政界资历很浅，实力不雄。而张謇在地方上声誉很盛，实力雄厚，但两江总督张人骏不支持立宪运动，与张謇政见不合。程德全和张謇两人原本不认识，没有私交。1911年政治危机加剧的时候，两人开始互相取暖，合作应对时局。1911年2月18日，张謇到苏州会晤了程德全，从此建立了密切的联系。江苏官绅，形成了一个应对危机的政治集团，程德全成了这一集团在政治上的操盘手。未完待续。