朱元璋攻下成都之后，与土家族交好，帮助土家族、苗族、壮族等少数民族改善了生产力，并且与他们积极地通商合作，很快，四川境内就太平了下来，所有的少数民族都与朱军达成了统属关系，并且在少数民族的帮助下，用极短的时间拿下了云贵两省。

半年后，朱元璋出兵湖北，此时革左五营与张献忠生了内讧，正在河南打得不可开交。而史可法率领的江南兵疲弱不能战，只能在旁边打酱油。左良玉则退到一个远离贼军的地方，抢夺当地百姓的钱粮，拉扯起了几十万大军，渐渐脱离了朝廷的管束，隐隐有自立之意。

朱军让罗汝才做说客，说服了革左五营投入朱军，然后与张献忠在襄阳城下决战，打败张献忠之后，收复了湖北地界，说降张献忠麾下的大将李定国，随即，朱军从陕西和湖北同时出兵，两路攻入李自成占领的河南。

李自成退守洛阳，但不敌朱军，很快便战败被俘。随即朱军攻入山西，再顺势攻入京城，崇祯皇帝在吊死前一刻被朱元璋救下，软禁在后宫之中。

朱军进驻京城之后，并未改变国号，继续以“大明”自称，重新推出崇祯皇帝来做皇帝，但剥争了他一切的权力，只让他当一个象征性的皇帝，大明开始采取君主立宪制度，由朱元璋出任第一任大总统，许人杰、王二、杨洪等人都担任议员。

但大明朝的旧官僚们并不承认这个政权，在江南组成了南明政权，推出福王朱由崧做皇帝，与朱元璋的大明形成南北对峙的局面。